関東圏内で起こった広域連続殺人事件。現場にはいずれもアルファベットが刻まれた麻雀牌が残されていた。
警視庁では一都五県の刑事達が合同捜査会議を開き、特別顧問として小五郎も招かれた。会議終了後、参加していた一人の刑事がジンと同じ車（ポルシェ356A）に乗り込むところをコナンが目撃。 黒の組織を追うために危険を冒して単独捜査に挑む。
一方、容疑者の一人が米花町に現れるという情報が入り、現場に急行する刑事達、そこには組織のスナイパー、キャンティやコルンの姿もあった。 その影で、帝丹高校と帝丹小学校より、新一とコナンの指紋のついた物が、組織の新メンバー、アイリッシュによって盗まれてしまう。
そして、新たに起こった第7の事件を元に連続殺人の謎を解き明かし、黒の組織と対峙するコナン。コナンの正体が黒の組織に…。命を狙われ、正体もバレかけている、そんなコナンの運命は?周りの知人たちの命はどうなってしまうのか?
09年4月公開予定の劇場版アニメ「名探偵コナン」のタイトルが、「漆黒の追跡者（チェイサー）」に 決まったことが29日、分かった。コナンを毒薬で子供の姿に変えた宿命の敵「黒ずくめの男たち」との 対決が描かえれる。
「名探偵コナン」は、天才高校生探偵の工藤新一が、毒薬を飲まされて小学生の体になってしまい、 「江戸川コナン」と名乗り、探偵の毛利小五郎やその娘・蘭と事件を解決していくストーリーが描かれる。 劇場版は97年から13作が公開され、累計観客動員数は2600万人を超えている。劇場版シリーズで 黒ずくめの男たちが登場するのは、5作目の「天国へのカウントダウン」以来になるという。
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